All’interno della Basilica e dei suoi sotterranei è possibile leggere e rivivere la stratificazione di livelli e civiltà che si sono sviluppati a Roma nel corso dei secoli.
Il livello superiore ospita una basilica medioevale eretta con materiale di spoglio (come, ad esempio, le colonne) e decorata da straordinari mosaici; inoltre, il pavimento in stile cosmatesco, è uno dei più ammirevoli della città.
Nel Quattrocento, per volere di Papa Martino V, una cappella venne dedicata a Santa Caterina d’Alessandria e decorata da Masolino da Panicale (probabilmente anche grazie all’intervento dell’allievo Masaccio).
Se gli elementi di arredo principali (vedi il ciborio) si riferiscono all’epoca dell’edificazione della Basilica (XII secolo), alcuni elementi derivano dalla chiesa che corre a oltre dieci metri di profondità, scoperta nel 1858 dal priore Mullooly: si tratta di una basilica paleocristiana risalente al IV secolo, realizzata da Costantino I, che ancora oggi conserva una delle più antiche iscrizioni in lingua volgare.
Una parete ha restituito un affresco raffigurante una tragedia annunciata trasformatasi in miracolo: il prefetto Sisinnio, infatti, offeso per la conversione al Cristianesimo di sua moglie, ritenne San Clemente unico colpevole di ciò ed ordinò il suo arresto; quando Sisinnio mandò i suoi schiavi a rapire San Clemente, essi si confusero ed al posto del Santo portarono via una colonna.
La visita della Basilica comprende un altro livello, risalente al I secolo a. C., dove si apre una domus al cui interno troviamo un mitreo realizzato nel II secolo d.C.: come allora, anche oggi presenta i triclini ed il caratteristico bassorilievo con il Dio Mitra mentre uccide il toro.
Il mitreo è un ambiente assolutamente straordinario in cui fermarsi a contemplare l’evoluzione architettonica ed urbanistica di Roma, così come la sua trasformazione culturale e religiosa che, nello stesso ambiente, celebra i valori che si sono susseguiti d’epoca in epoca.